離子色譜的分離機(jī)理主要是離子交換，有3種分離方式，它們是離子交換色譜（HPIC）、離子排斥色譜 （HPIEC）和離子對(duì)色譜 （MPIC）。用于3種分離方式的柱填料的樹脂骨架基本都是苯乙烯-二乙烯基苯的共聚物，但樹脂的離子交換功能基和容量各不相同。HPIC用低容量的離子交換樹脂，HPIEC用高容量的樹脂，MPIC用不含離子交換基團(tuán)的多孔樹脂。3種分離方式各基于不同分離機(jī)理。HPIC的分離機(jī)理主要是離子交換，HPIEC主要為離子排斥，而MPIC則是主要基于吸附和離子對(duì)的形成  流路結(jié)構(gòu)圖。

IC系統(tǒng)的構(gòu)成與HPLC相同，儀器由流動(dòng)相傳送部分、分離柱、檢測(cè)器和數(shù)據(jù)處理4個(gè)部分組成，在需要抑制背景電導(dǎo)的情況下通常還配有MSM或類似抑制器。其主要不同之處是IC的流動(dòng)相要求耐酸堿腐蝕以及在可與水互溶的有機(jī)溶劑（如乙腈、甲醇和丙酮等）中不溶脹的系統(tǒng)。因此，凡是流動(dòng)相通過(guò)的管道、閥門、泵、柱子及接頭等均不宜用不銹鋼材料，而是用耐酸堿腐蝕的PEEK材料的全塑IC系統(tǒng)。離子色譜的***重要的部件是分離柱。柱管材料應(yīng)是惰性的，一般均在室溫下使用。柱和特殊性能分離柱的研制成功，是離子色譜迅速發(fā)展的關(guān)鍵。